Les donateurs de la Zakat peuvent choisir de consacrer une partie de leur Zakat chaque année pour aider les réfugiés et les déplacés internes éligibles. À cette fin, le HCR a créé en 2019 le Fonds de Zakat pour les Réfugiés, en tant que distributeur fiable, conforme et efficace, maximisant l’impact des dons de Zakat (et de  Sadaqah) pour aider les réfugiés et les déplacés internes les plus vulnérables en Irak, au Yémen, en Jordanie, au Liban, en Somalie, en Mauritanie, au Nigeria, au Pakistan, en Afghanistan, au Bangladesh, en Malaisie et en Indonésie. Dès la première année de sa création, le Fonds de Zakat pour les Réfugiés a remporté le prix de Global Islamic Finance Awards pour la « Meilleure plateforme mondiale de distribution de la Zakat 2019 ». Dans le cadre du Fonds de Zakat pour les Réfugiés du HCR, la Zakat peut être acheminée uniquement vers les populations de réfugiés et de déplacés internes suivantes :  Les réfugiés en Jordanie, au Liban, en Irak et en Égypte.  Les réfugiés rohingyas au Bangladesh, en Inde, en Malaisie et en Indonésie. Les réfugiés afghans au Pakistan, en Inde et en Iran. Les réfugiés maliens en Mauritanie. Les personnes déplacées en Somalie, en Irak, en Afghanistan, au Yémen et au Nigeria.