يمكن لمساهمي الزكاة تخصيص جزء من زكاتهم كل عام لصالح مستحقيها من اللاجئين والنازحين داخلياُ، ولهذا الغرض أنشأت المفوضية عام 2019 صندوق الزكاة للاجئين كبرنامج توزيع يتمتع بالمصداقية والكفاءة والالتزام بأحكام الزكاة، حيث يكرًس الصندوق أموال الزكاة (والصدقات) لصالح مستحقيها من اللاجئين والنازحين داخلياً الأكثر احتياجاً في كل من العراق واليمن والأردن ولبنان والصومال وموريتانيا ونيجيريا وباكستان وأفغانستان وبنغلاديش وماليزيا وإندونيسيا. منذ العام الأول من تأسيسه،  فاز الصندوق بجائزة التمويل الإسلامي العالمي لأفضل “منصة عالمية لتوزيع الزكاة في العام 2019”. في سياق صندوق الزكاة للاجئين التابع للمفوضية، يمكن تخصيص أموال الزكاة حصراً لصالح الفئات التالية من اللاجئين والنازحين داخلياً:

• اللاجئون السوريون في الأردن ولبنان والعراق ومصر.
• لاجئو الروهينغا في بنغلاديش والهند وماليزيا وأندونيسيا.
• اللاجئون الأفغان في باكستان والهند وإيران.
• لاجئو مالي في موريتانيا.
• النازحون داخلياً في الصومال والعراق وأفغانستان واليمن ونيجيريا.